S（和R）与其他主流的统计系统在本质上有一个很重要的不同。在S中，统计分析通常由一系列的步骤完成，同时将交互的结果存储在对象中。所以，尽管SAS和SPSS在一个回归或者判别分析中会给出丰富的输出结果，R只是给出一个最小的输出，而将结果保存在一个适当的对象中由R函数进行后续查询。

　　使用R最便捷的方式是在一个运行视窗系统的图形工作站上。这份指南就是为拥有这项便利的用户准备的。尽管我们绝大部分的内容都是来讲R环境的一般应用，我们还是会时不时的提到R在Xwindow系统下的应用。

　　与操作系统的直接互动对多数用户来说都是必要的。在这份指南中我们主要讨论在UNIX系统下的互动，所以Windows下的R用户需要做出一些小的调整。

　　对工作站的定制是一项直接而有效但又单调乏味的过程，在这里我们并不会作更深入的讨论。如果您在这方面遇到了困难可以向你身边的专家寻求帮助。

　　R语言的使用，很大程度上是借助各种各样的R包的辅助，从某种程度上讲，R包就是针对于R的插件，不同的插件满足不同的需求，截至2013年3月6日，CRAN已经收录了各类包4338个。例如用于经济计量、财经分析、人文科学研究以及人工智能。

　　程序包-安装程序包-在弹出的对话框中，选择你要安装的包，然后确定。

　　install.packages(package_name,dir)

　　dir:包安装的路径。默认情况下是安装在..\library 文件夹中的。可以通过本参数来进行修改，来选择安装的文件夹。

　　如果你已经下载的相应的包的压缩文件，则可以在本地来进行安装。请注意在windows、unix、macOS操作系统下安装文件的后缀名是不一样的：

　　包安装后，如果要使用包的功能。必须先把包加载到内存中（默认情况下，R启动后默认加载基本包），加载包命令：

　　library(help=package_name)

　　主要内容包括：例如：包名、作者、版本、更新时间、功能描述、开源协议、存储位置、主要的函数

　　help(package = package_name)

　　data(dsname, package=package_name)

　　data( package=package_name)

　　CRAN为Comprehensive R Archive Network（R综合典藏网）的简称。它除了收藏了R的执行档下载版、源代码和说明文件，也收录了各种用户撰写的软件包。现时，全球有超过一百个CRAN镜像站。

　　源代码。点击进入：Windows (95 and later)，再点击：base，下载SetupR.exe，约18兆，此便是R FOR WINDOWS的安装程序。双击SetupR.exe，按照提示一步步安装即可。

　　安装完成后，程序会创建R程序组并在桌面上创建R主程序的快捷方式（也可以在安装过程中选择不要创建）。通过快捷方式运行R，便可调出R的主窗口。

　　类似于许多以编程方式为主要工作方式的软件，R的界面简单而朴素，只有不多的几个菜单和快捷按钮。快捷按钮下面的窗口便是命令输入窗口，它也是部分运算结果的输出窗口，有些运算结果则会输出在新建的窗口中。

　　主窗口上方的一些文字是刚运行R时出现的一些说明和指引。文字下的： 符号便是R的命令提示符，在其后可输出命令；后的矩形是光标。R一般是采用交互方式工作的，在命令提示符后输入命令，回车后便会输出结果。

　　R语言这种目前非常流行的、免费的、图形化的统计学软件让科研人员能够自己完成数据的统计和分析工作。 多年以来，遗传学家Helene Royo一直都使用商业化的计算机软件完成她的数据分析工作。她提取正在发育中的小鼠精子细胞的DNA进行试验分析，然后用一种名叫GeneSpring...